Konferencja ,,Ideatorium" jest organizowana przez Związek Uczelni w Gdańsku im. Daniela Fahrenheita, w skład którego wchodzą Gdański Uniwersytet Medyczny, Politechnika Gdańska oraz Uniwersytet Gdański. Liderem jest Politechnika Gdańska.
Jednostką zajmującą się bezpośrednio organizacją konferencji jest Centrum Nowoczesnej Edukacji PG.